通用氣相色譜儀的載氣系統主要作用是為保證進樣系統、色譜柱系統和檢測器的正常工作提供穩定的載氣和有關檢測器必需的燃氣、助燃氣以及有關輔助氣。氣路控制系統的好壞將直接影響分離效率、穩定性和靈敏度，從而將直接影響定性定量的準確性。氣路控制系統包括氣源系統，凈化系統，壓力流量控制系統，儀器氣路。主要由開關閥、穩壓閥、針形閥、切換閥、壓力表、流量計等部件組成。
作為氣相色譜載氣的氣體，要求要化學穩定性好、純度高、價格便宜并易取得，能適合于所用的檢測器。常用的載氣有氫氣、氮氣、氬氣、氦氣、二氧化碳氣等等。其中氫氣和氮氣價格便宜，性質良好，是用作載氣的良好氣體。
對于氣源來說，選擇高壓氣瓶還是氣體發生器，要看具體情況而定。鋼瓶一般更換方便，且氣體質量可以保證，成本相對不高，但有可能會延誤試驗時間。氣體發生器使用時間沒限制，目前市場上有各種空氣壓縮機，氫氣發生器和氮氣發生器，但純度問題不容忽視，且空氣壓縮機是以實驗室空氣為氣體來源的，可能有油污，有機雜質含量可能會高一些，凈化裝置就要經常更換。一般使用鋼瓶時3個月需更換一次過濾器填料，用氣體發生器則每月更換一次。使用氣體發生器的好處是方便省事，不用頻繁更換鋼瓶。但是一次性投資要大些。
另一方面，從安全角度看，氫氣鋼瓶必須放置到實驗室以外的安全地方，有可能給工作帶來不便，因此使用氫氣發生器好一些。
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